ראשיתו של ארכיון מוזיאון "החאן" היתה עם הקמת המוזיאון בשנת 1982 . צוות ההקמה המתנדב התגייס לאסוף חומרים לבניית התצוגה
הראשונה. חומר תיעודי ומצולם רוכז ממקורות פרטיים ומהארכיון ההיסטורי של עיריית חדרה.
בשלב זה פעל צוות ההקמה של המוזיאון מתוך תחושת דחיפות והצלה. בשנת 1992 נחתם הסכם משולש בין גנזך המדינה, עיריית חדרה והעמותה למען מוזיאון חדרה שבעקבותיו הועבר החומר ההיסטורי של ארכיון העיר מן השנים 1952-1890 למשמרת המוזיאון. הארכיון ההיסטורי של חדרה במוזיאון "החאן" מוסיף לקלוט חומר באופן תדיר והוא משקף את קורות חדרה במעגל הציבורי-עירוני. הארכיון מקיף למעלה מ- 120,000 פרטי מסמכים והינו ארכיון חוקר שמפרסם את מחקריו באסופות מאמרים אקדמיים. מרבית החומר דיגיטלי. הארכיון כולל כ- 12,000 תצלומים הסטורים של צלמים ידועים מראשית חדרה. הארכיון מכיל מאות ארכיונים אישיים של בני משפחות המייסדים ותושבים ותיקים שהטביעו חותמם על חדרה והישוב בארץ, עד ימינו אלה.
מאפייני הארכיון
החומר העירוני מאופיין בהיקף הרחב של החומרים הכתוב רובו ככולו בעברית וכולל את החטיבות המנהלתיות של המושבה מראשית
ההתנחלות ואילך.
•בולטים בו הפרוטוקולים של ועד המושבה ושל אסיפות התושבים החל מ 1891 ועד 1952
•ספרי רישום קרקעות
•ספרי האחוזה המוקדמים שאושרו ע"י שלטונות המנדט בשנת 1926
•ספרי דוחות כספיים ומנהלתיים של המושבה מן השנים 1949-1891
•ספרי העתקי מכתבים נכתבו ע"י הועד בין השנים 1948-1895 ומכתבים בנושאים הנוגעים לחיי חדרה ושכונותיה.
•מבחר עיתונות משנת 1900 ועד היום.
•תצלומים – במאגר התצלומים כ- 30,000 תמונות החל משנת 1906 ועד היום
פגישה בארכיון – בתיאום מראש עם מנהלת הארכיון.